Pri izvajanju zdravstvenega varstva učencev sodeluje šola z zdravstvenim zavodom (z otroškim dispanzerjem). Sodelujemo pri izvedbi obveznih zdravniških pregledov za otroke, vpisane v 1. razred, pri rednih sistematičnih zdravstvenih pregledih (3., 5. in 7. razredi) in cepljenjih. Na šoli deluje tudi zobna ambulanta, ki skrbi za sistematične preglede zob. Mesečno se na šoli izvaja tudi zobna preventiva.
Na OŠ Beltinci je organizirano podaljšano bivanje za učence razredne stopnje, katerih starši so zaposleni, otroci pa potrebujejo varstvo.
V tem času imajo učenci kosilo, sodelujejo pri interesnih dejavnostih, naredijo domačo nalogo, pri kateri imajo vso učiteljevo pomoč, in se sprostijo po končanih obveznostih.
Zaradi varnosti otroka in odgovornosti šole lahko vodja oddelka podaljšanega bivanja predčasno spusti otroka domov samo s pisnim potrdilom staršev.
Čas podaljšanega bivanja: vsak dan od 11.35 do 15.45.
Šola organizira tudi jutranje varstvo, in sicer za učence prvih razredov. Financira ga Ministrstvo za šolstvo in šport. Otroci ustvarjalno preživljajo zgodnji jutranji čas ob poslušanju pravljic, petju pesmic, likovnem ustvarjanju in družabnih igrah.
Poskrbljeno je tudi za zajtrk.
Čas jutranjega varstva: vsak dan od 6.00 do 8.00.
